只有石见、长门几处地方，士卒甚至还不到两千人。以这种实力自然无力救援飞鸟地区，不过只要有朱厚炜的支持，那一切都不一样了。
首先，朱厚炜将对马岛上一万多朝鲜军队全都调上来，编到大内义兴的部队之中，这些朝鲜军队做为大内义兴名义上的嫡系部队，除了这些之外，征日特别队以及草原骑兵也做为客军，被大内义兴‘雇佣’，帮着对方打仗。
一切准备完毕后，大内义兴立刻打着清君侧的名义，从津山城出发，由严世藩为统帅带领明军为后援，大内义兴带着自己的部队和织田信长的伪军为先锋。一路上攻城拔寨，很快就打到了室町幕府控制的的京都区域。
大内义兴虽然是受朱厚炜控制的傀儡，但却也有一定的自由性，比如朱厚炜允许他招募军队，而且在军事上也有织田信长为他出谋划策。而大内义兴也的确是个人材，很快就召集起来一支两万人的杂牌军，虽然战斗力不强，但却总算是有了自己的一点声势。
打着大内氏名义的大军在打到京都地区后，挡在他们面前的分别是足利氏和毛利氏控制的军队。对于这两个仇人，大内义兴自然希望全都灭了才好，不过出于某种考虑，朱厚炜却命大内义兴先攻击足利氏一系。
这主要是有一主一次两个原因，其中次要原因是当初朱厚炜和中知仁亲王有过约定，虽然现在他打着清君侧的名义，但谁都知道是怎么回事，所以干脆先把足利氏灭掉算了。而主要原因则是因为室町幕府毕竟是倭国真正的统治者，留下他们的话，可能会有什么不可预知的变化，而毛利氏是原来附属于大内氏的小氏族，虽然同足利氏搭上关系但足利义澄从来就没有对毛利元就放松警惕。只要消灭了室町幕府毛利氏再也没有翻身的机会，所以根本不足为虑。
对于朱厚炜，不，
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确切的说是大内氏大军的攻击，室町幕府和毛利元就虽然拼命抵挡，但奈何手中的军队对付北条早云的联军还行，可是对上朱厚炜带来的军队时，却只有挨打的份，而且以往在他们看来坚固无比的城池在明军火炮的攻击下，却根本不堪一击，没有任何人可以阻挡明军前进的脚步。
1512年（弘治二十五年）12月月21日，大内义兴引着大批的明军杀入京都室町幕府，足利义植自焚而死，毛利元就的安艺也被攻陷，毛利元就嫡子毛利隆元带着毛利氏投降，可是毛利氏是背叛大内氏的，所以被大内义兴暗中屠尽。
不过就在严世藩带着大军灭掉室町幕府的过程中，还派出一支部队逼近飞鸟地区，一直困守飞鸟的知仁亲王和北条早云，让觉镇女天皇直接派使者与朱厚炜接触，表达了自己愿意投降的意愿，而且为此他们愿意付出任何代价，只求能够能够保住天皇之位！
石见城朱厚炜的书房内，杨慎和杨宇轩都在，只见朱厚炜抬起头对两人说道：“日本天皇一系愿意投降，而且没有任何的条件，也就是无条件投降，你们觉得该如何处置？”
听到朱厚炜的问话，杨慎却是笑呵呵的道：“殿下，想必你心中早已经有了定计，就不用再让微臣说一遍了吧！”
听到杨慎的话，朱厚炜和杨宇轩对视一眼，也是失笑道：“升奄果然了解本王，倭国的大局已定，接下来就是要考虑该如何统治这里的问题了，不过相比朝鲜，倭国这里孤悬海外，而且与满剌加不同的是，这里的倭人众多，民族单一管理起来实在有些麻烦，所以我觉得在初期时，可以保留利用倭国天皇万年一世在倭人中的地位，帮着我们一起管理，不过若只有一个天皇的话，我又不太放心，而各地守护、大名是可以利用起来。”
听到朱厚炜的话，杨慎立刻开口赞道：“殿下所虑极是，我们虽然征服了倭国的政治中心地区，室町幕府也已经灭绝，但是本州岛中部和北部、九州地区却还在各大豪族的掌握之中，再加上四国和虾夷二岛，想要完全平定的话，估计也要付出极大的伤亡，倒不如以倭治倭，扶植大内氏和伊势氏，让他们替我们先将倭国平定下来，保证倭王一族的地位，不过在这其中却一定要抓住几点！”
听到杨慎的最后一句，朱厚炜立刻正色道：“升奄请讲！”
只见杨慎抚着胡须说道：“殿下，我们虽然可以扶持倭王、大内氏和伊势氏，但对倭国也不是撒手不管，一定要派驻官员进来，将倭国的财政军队全部掌握在手中。第二是禁止倭国制造武器，所需要的武器全都要向我们购买，若是没钱的话，可以用人来抵债，毕竟咱们的各个方面都缺少人。第三是在倭国全面推行汉化，而且必须强制执行，若是有人敢闹事，立刻派大内氏和伊势氏带人镇压，这件事朝鲜那里也要开始推行。”
说到这里之时，杨慎的脸上忽然露出一丝阴险的笑容道：“最后一点则是不断神话倭王一世是神圣不可侵犯的，答应知仁亲王保留日本天皇。使得他们知道除了依靠我们外，再无其它的选择，如此才能让殿下对他们有着强大的控制力，也能让他们更加忠心的办事！”
听到杨慎提出的这四点，朱厚炜是连连点头，特别是最后一点，更是让他十分满意，而旁边的杨宇轩虽然一直没有说话，不过听到