湖北义军入川之前的一年多时间里，四川义军已经与清军苦战了几个回合，形势正处危难之间。湖北义军的到来，可以说是四川义军重振的大好时机。
嘉庆二年底，襄阳起义军在川北、陕西进行了大幅度运动寻找战机，最后聚会于汉中以西，并准备抢渡汉水，奔袭西安，以摆脱被追击围剿的被动困境。
朝廷知晓起义军的动机，于是调动大批军队，死死缠住王聪儿、姚之富不放，终于将起义军逼入了被动不能自拔的境地。王聪儿与姚之富见攻西安已没有可能，只好率队撤往东南一路连战连败。在湖北西的三岔河，全军进入险地。
两侧高山夹峙，后有追兵数万，在走投无路的情况下，近万义军经殊死搏杀，几乎全部战死。王聪儿和姚之富被逼攀上山崖，相继跳崖而死。这是白莲教起义后遭受到的最严重的挫折。
嘉庆三年，义军当时正处进退两难的困境，一些首领便自动落入了清军劝降的圈套。四川义军主力之一的王三槐、冷天禄部，王三槐在南充知县刘清的招抚下，轻信诈言，自投罗网，后被押至京师处死。冷天禄接受教训，率部众据守县城阵地。年底，因寨中盐粮将尽，诈降突围后仍然坚持抵抗。
嘉庆五年，由于起义军主要领袖的先后阵亡；义军屡遭败绩，士气低落；粮草补给的日益艰难；兵员补充也减少；再加上清军越集越多，封锁越来越严，许多义军已没有坚持下去的信心，甚至有的人偷偷地离开了队伍。最终留在队伍里的义军，是决心与朝廷对抗到底的。
嘉庆六年，嘉庆帝见义军们无缴械的意愿，便下决心加大围困打击力度，迅速解决问题。他知道“擒贼先擒王”的道理，于是下诏前线清军将领，务必尽快擒斩各路义军首领，并将朝廷的赏赐分别列出升官、赏银的档次。
起义军首领相继牺牲，这使得义军继续坚持反抗政府的斗争更加困难。嘉庆九年，白莲教大起义最终失败。
川鄂白莲教起义虽然失败了，但是让人民百姓感受到朝廷的残暴，更加坚定了天地会反抗满清统治的决心。