统治以来，葡萄牙人已经积累了许多不满和怨恨。
西班牙国王并非是合并葡萄牙王国，只不过是以君合国的形式进行的（联合统治），两个王国拥有同一个国王，但是政府的行政体制还是两套班子。
不过这种统一也是由利益维持的——葡萄牙的商人、贵族们需要强大西班牙帝国的保护，以保卫自己的殖民地（主要是巴西和东南亚）和前往东亚和东南亚的航线。
但是，随着西班牙帝国逐渐衰落，无法保卫葡萄牙的殖民地和商路之后，这种统一就无法继续维持下去了。
西班牙国王对于葡萄牙东方贸易的区别对待，只是导火索之一。
尤其是在西班牙输掉八十年战争，尼德兰联省共和国取得独立，并迅速加入对美洲殖民地和远东贸易的竞争之后，西班牙不仅没能继续保卫葡萄牙的巴西殖民地和远东航线，还总是抽调葡萄牙的资金、人力用于在欧陆上一场又一场耗资巨大的战争。
这使得葡萄牙的主要利益集团迫切寻求再次独立，葡萄牙内部起义不断，企图反抗西班牙国王的统治，这背后就有贵族的支持。