计罪状，明神宗得知后始命高淮回京，而以明通湾矿监税使：张晔，兼领其事。
6月19日，年老体迈82岁米寿之年的前任明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，致仕正式下岗，由明蓟州总镇总兵：杜松，代替其职。
6月26日，李氏朝鲜光海大君：李珲，以权署国事的名义，派遣了李氏朝鲜礼曹参议：李好闵，等使臣赶赴大明帝国求赐封。
但大明礼部与明神宗因为有「国本之争」的案例在，所以就一再坚持认为李氏朝鲜光海大君的合法性不足，非要派遣官员去李氏朝鲜王国调查才行。
可李氏朝鲜礼曹参议则辩解称；先王长子李氏朝鲜临海大君：李珒，已中风，无法继承王位！
于是大明礼部又要求，提供李氏朝鲜临海大君让贤的奏文，果然明神宗随后就派遣了明辽东都指挥同知：严一魁、明自在州知州：万爱民，进入李氏朝鲜王国展开调查。
这两个官僚非常爱钱，为此李氏朝鲜光海大君便准备了数万两白银贿赂他们，在让他的表叔李氏朝鲜刑曹参判：金礼直，强迫李氏朝鲜临海大君向大明钦差们回答预定的内容。
明辽东都指挥同知等按套路到乔桐驿，向李氏朝鲜临海大君问话，待完成使命后便返回大明，并回奏朝廷称“李氏朝鲜临海大君果真有病，确实不能继承王位。”
8月初9日，因云南都指挥使司滇军与地方土司兵的联合围攻之下，叛贼首领：郑举、叛贼伪武定府知府：阿克，两人兵败被俘送至京师问罪。
同时朝廷还以失武定府印玺罪为由，逮捕了明云南总镇巡抚：陈用宾、明云南总镇总兵兼黔国公：沐叡，下大理寺狱论死，实乃可悲之事！
12月11日，兀良哈部朵颜卫进犯大明帝国北直隶顺天府蓟州地区，还大肆劫掠军民住宅区，为此明蓟州左参将：马栋，不能低御。
还好大明禁卫骑兵以及蓟州镇、蓟州卫、营州右屯卫、营州后屯卫、兴州左屯卫，的援军及时所至，以火器进攻敌人，碰巧让居民们望见天空中明军交战时火器打出来的火光，就以为是敌军将至？
导致百姓纷纷大惊，各自逃入京城，每日多达数万人，少则数千人，使得京师内外城的九门尽闭，帝都开始戒严。
而明兵部尚书：李化龙，就请以白银三十万两来填补蓟州镇缺饷，并修军械器具，户部则以国库告乏，请暂借内务库矿税银，定期补还。
但明神宗不许借用内务库银，而命发太仆寺马价银十万两、户部银十万两，才让蓟州卫以及蓟州镇军心稍定。
此刻朵颜卫见明军有备而来，且久攻不下损失惨重，大多数朵颜军都被明军火器打伤，便开始撤兵，但明军追击时还趁势杀了袄儿都指挥使司漠南蒙古河套部151人。
这让漠南蒙古河套部首领：拱菟，怀恨再心伺机复仇。
12月18日，明建州左卫军民指挥使：佟·努尔哈赤（爱新觉罗·努尔哈赤）首先是责令三弟明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，放弃自立为王的念头，重新归附到建州女真三卫麾下，但被拒绝了。
在劝说无效的情况下，他决定断然采取了强硬措施。
明万历三十七年公元1609年正月10日，明开原卫左参将：李如楠，准备伏击漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗：孛儿只斤·斋赛，以报四年前漠南蒙古内喀尔喀五部诱杀明庆云堡守备：熊錀，之仇。
这个消息被明建州左卫军民指挥使知道后，他迅速报给漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗听，并让他成功逃脱。
然而诱杀漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗失败后，而造成的后果却很严重，还引起了在漠南蒙古内喀尔喀五部中地位举足轻重的漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗，对明建州左卫军民指挥使的感谢和对明廷的憎恨。
再加上漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗，又觊觎大姨子叶赫老女：纳拉·东哥（布喜娅玛拉），还听信了明建州左卫军民指挥使的谗言，认为海西扈伦叶赫女真部人协助明廷诱杀他，因而出兵配合建州女真八部一起来攻打海西扈伦叶赫女真部。
这导致了开原卫明军不得不派出火器手去救援叶赫女真部，又派人向漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗解释诱杀事件和叶赫女真部没有关系。
但这却并不能缓和漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗与叶赫女真部的关系，反而让尝到甜头的明建州左卫军民指挥使更加注重和漠南蒙古内喀尔喀五部的关系，还进一步去拉拢和争取孛儿只斤·恩格德尔。