哲；又放出空气说皇长子年幼，宜由李选侍以太后身分垂帘听政。东林党人杨涟、左光斗等人指出，皇长子已经成人，并揭露说，这是“将借抚养之名，行□□之实”。惠世扬更大胆指斥“李选侍原为郑氏私人，丽色藏剑”，并指责方从哲通过内监得贿，同她勾结。在这场争议中，郑贵妃、李选侍、方从哲不仅理亏，而且他们当时还没有掌握最高权力，所以东林党人终于占了上风。李选侍移出了乾清宫，朱由校在东林党人支持下，摆脱了郑贵妃、李选侍的挟制，于1620年（万历四十八年）九月初六日即位，是为明熹宗。
争京察
在围绕皇位继承权进行争斗的同时，东林党人同反东林各派展开了尖锐的权力之争。这表现于许多方面，主要是争“京察”。京察是明代考核京官的一种制度，规定六年一次，称职者予奖或晋升，不称职者处罚或斥退。争京察就是争朝廷的人事大权。1605年（万历三十三年）的京察，由东林党人、吏部侍郎杨时乔主持。他在京察中提出要处分的人，有几个是首辅沈一贯的党羽。沈一贯的党羽钱梦皋等人受到包庇，未遭处分，而杨时乔反被严旨斥责。不过，东林党人和其他一些朝臣一再奏劾沈一贯遍置私人、欺上瞒下，沈一贯也被迫谢病不出，于次年退休。1611年（万历三十九年）京察时，东林党人、大学士叶向高主持朝政，这一次，齐、楚、浙、宣、昆等党一些人物被罢了官。但在南京则出现了另一种局面。原来明朝明成祖在1421年（永乐十九年）从南京迁都北京以后，仍在南京（时称留都）保留了一套中央官署。这次在南京主持京察的，是齐、楚、浙党方面的官员，他们排斥了所有支持东林党领袖李三才的东林党一派的人。1617年（万历四十五年）京察时，方从哲秉政，齐、楚、浙等党多居要职，于是又排斥了东林党人。终万历一朝，东林党人大部分时间不掌握朝政，所以在京察中基本上处于不利的地位。他们支持熹宗继位后，才受到重用。1623年（熹宗天启三年），当时东林党人叶向高是首辅，赵南星则以左都御史身分参与主持京察，他痛斥齐党亓诗教、楚党官应震等人，坚决罢了他们的官。
政治思想
一、反对空幻虚无、谈空说玄。
东林学派以东林书院为阵地，通过讲学、论辩、研讨、撰文、出书，对王阳明“心学”及王学末流在道德修养和认识论方面宣扬的种种虚、空、玄的主张和说教进行猛烈的抨击和批判，从而推动了实学思潮的高涨。
二、提倡求真务实、实学实用。
尽管东林书院和我国古代其他书院一样，讲学和学术研究的主要内容也是儒家经史著述，但其不论在内容上、形式上和方法上都针对性、实用性较强，强调从实际出发，注重讲实学，办实事，有实用，求实益。这一点在东林书院的组织管理、规章制度、讲学和学术研究的内容、方法，以及关于东林讲学活动情况和顾宪成、高攀龙等东林领袖生平言行的记载中，都有比较清楚的反映。诸如：《东林书院会约仪式》第一条强调，会讲属业余自愿性质，所以参加会讲的通知不必要求每个人都来参加。第三条规定，举行会讲时，主持会讲的会主由大小会公推产生，根据实际需要，由不同学者担任；第四条规定，每次会讲推举一人讲《大学》、《论语》、《中庸》、《孟子》即“四书”中的一段内容，然后大家“有问则问，有商量则商量”。第十一条强调要尽量简化来与会的学人之间的交拜手续，不搞繁琐的礼节和形式主义。
开放言路，反对宦官干政，反对矿税，是东林党的三项具体主张。
明朝中期以后，江南地区的商品经济和工场手工业更加发展。在一些工商业发达的城市，商人、作坊主、手工匠以及其他城市平民，开始形成为一支新的社会力量，给当时的社会矛盾和斗争带来了新的影响。东林党就有不少人是中小地主兼营工商的。他们有的人突破了传统的农为国本的经济思想，提出了工商皆本的新观点。如赵南星说：“士农工商，生人之本业。”李应升反对关卡重重、商税繁多，要求执政者“爱商恤民，上不妨工而下利于途（指贩运）”。
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