海瑞望向李时珍，这个时候也只能由这位太医来抗疫了。李时珍经历过几次瘟疫，都成功控制了疫情，所以很镇静。
“请海大人立即下令，所有百姓立即回家，在家呆着，不许出入，同时蒸煮所有衣物。让衙役守往各个街道，由各里里长带领衙役分发粮食，再将所有药店的药物立即搬到县衙，所有衙役和里长都要带好毛巾护住口鼻。我现在去看看瘟疫的症状，回来立即配药。”说着站起身让衙役搀扶着，带上毛巾向城南走去。海瑞按照李时珍的吩咐，分派已毕，开始思考这次瘟疫从何而来？想必是和何耀宗有关！
海瑞所料不错，那天何耀宗去毒杀李时珍，结果被海瑞闯了进来。只好跳出窗子蹲在窗下，贴着墙根，通过窗缝看到海瑞用李时珍药箱紫葫芦解毒药灌到李时珍的口中，李时珍喝药之后，本已抽搐的肢体顿时缓解了。心中大惧，看来李时珍死不了了，他死不了，自己就要死了，知道自己已经没办法再下杀手，只能逃命要紧。于是悄悄离开驿站，立即奔向南城药房，在柜台上取走全部现银，同时让一个伙计将仓库中的一口箱子的衣服扔到街道上。
这箱子中的衣服是何耀宗派人在发生瘟疫的地方弄来的，都是从得了瘟疫的人身上扒下来的，小心弄到淳安，本是想用在潘天麒的身上，让潘天麒体验瘟疫的病症，再提炼治瘟疫的办法。不曾想竟然发生了这个情况。没办法，一条狠毒的计策想了出来，何耀宗要让全淳安的人都得上瘟疫，死掉十分之八九。最好李时珍和海瑞等也在瘟疫中死去，那样自己才会有出头之日。
药店的小伙计拿着衣服舍不得扔掉，想着反正扔也扔，不如自己拿回家穿得了，便全部拿回了自己家，结果很快得了疫症，一传十，十传百，这瘟疫在淳安的南城区开始漫延开来。
接着，何耀宗来到严州府，以前太医的身份向知府报告淳安发生了疫情，请速速封城。知府不敢怠慢，立即通知严州卫派出军队将淳安彻底封锁。
淳安县城中疫情形势很严峻，不断有更多的人得了瘟疫。按照李时珍办法，家家户户禁闭家门，在门口栓上布条以示家中情况，红布条代表健康，绿布条代表患病，白布条代表死亡，布条数量代表人数。衙役和里长根据布条情况分发粮食和药品，海瑞和李时珍从早忙到晚上，一连忙了半个月，疫情才有所好转。死亡人数和患病人数大幅下降，抗疫终于见到了曙光。
海瑞终于有时间开始调查瘟疫由来，将药房的伙计带来寻问，查出果然是何耀宗下的毒手，如何能抓住这个罪大恶极的何耀宗呢？海瑞思考良久。
二天后，严州府贴出一个告示：“淳安县因发生瘟疫，已封城二十余日，全无消息，不知城中生死几何。为此，本府特招名医，率兵进城查看瘟疫情势，对剩余百姓进行救治，为果断控制瘟疫，必要时可便宜行事，以救黎民于水火之中。如处置得当，本府必将对立有大功之人上报朝廷，请功受赏，加官进爵。”
告示贴出去不到两天，有人揭榜了。揭榜的不是别人，正是何耀宗！知府亲自接见，为其壮行。
“没想到报疫者是何大夫，这次又是何大夫揭榜进城，足见高义。何大夫需要多少士兵尽管说来。”知府笑着说道。
“苍天不佑，下此瘟疫，让黎民百姓遭此劫难。为医者倍感痛心，医者本就有舍己为人之心，在下不才，愿解百姓危难，虽万死不辞。此次入城，兵不在多，二百足矣，定要扑灭瘟疫，否则绝不出淳安。” 何耀宗大义凛然。
“好！给你二百精兵。不知何大夫采取何种措施。”
“自古就有抗疫之法，在《肘后备急方》和《备急千金要方》这两本书中有记载抗疫的方子，如太乙流金方、虎头杀鬼方等，再通过烧熏法等对瘟疫进行扑杀，只是不知城中现在有多少人患病，严不严重。在下进城之后，首先当分辨病患，对严重者必须集中起来，对已死亡的尸体要进行焚烧，只有一事，如果有些已患瘟疫的人呈疯癫之状，不让医治，比如商贾大户、朝廷命官等，在下可否行非常手段，强行处治。”
“何大夫果有良策！本官这就放心了，对那些不听从安排之人，当然可以强制，不管他是谁，也不论他是什么职务。哪怕是知县本人，得了瘟疫不听从安排也一样。非常时期得用非常手段！这是舍小保大之举，何大夫可放心处置，不可拘泥于小节。”
何耀宗心中大喜，率领两百名士兵，带好配制的药剂，用毛巾护好口鼻直奔淳安县而来，快到淳安县县城，何耀宗叫停队伍大声道：“各位，淳安县瘟疫十分厉害。进城之后，淳安之人只有病与不病之分，无官民富贵之别，是否患病由我来判定，所有士兵进城之后必须严格听从我的命令。对患病之人不论身份都要集中起来，由我医治，不得有误。”众士兵齐声答应。何耀宗很满意，带队来到淳安城下，城门虚掩，一推即开。来到城中，一片死寂，面前的街道上空无一人。
“快、先到县衙救治。”说着，带队向县衙奔来，何耀宗的计划很周密：进了城中，找到海瑞和李时珍等人，不由分说，以救治为名立即关押起来，至于到底是救治还是下毒，完全由自己说了算。一场