木叶64年，宇智波的秘密基地里鼬已经被佐助打的奄奄一息，在这最后的时刻，宇智波鼬帮佐助开启万花筒后就去世了。
等再次醒来的时候，宇智波鼬已经来到了一个陌生的地方。
宇智波止水：这是哪里？我不是和佐助战斗死亡了吗？还有为什么我什么也看不见。当说出这句话的时候，宇智波鼬才意识到这不是止水的声音吗？我变成止水了？正在宇智波鼬这样想着，一枚苦无飞了过来!
宇智波止水：你是谁？到底想要干什么!甲：止水!没想到你还活着，我奉团藏大人之命，来取你性命，受死!
看来我是回到了止水跳崖后了，宇智波鼬心里正想着。忍术已经攻了过来，火遁·豪火球之术！止水反应及时，凭借着肌肉记忆快速结印豪火球之术。顿时两道大火同时攻向对方，由于双方只是试探性的攻击，所以双方很轻易的躲开了。
但是止水很快再次结印豪火灭却听声向对方攻击，对方明显一愣，然后快速结印水遁·水乱波挡住了忍术的部分火焰，但是甲不知道的是豪火灭却的等级比水乱波等级高。显然对方不知道这一点，结果就被残余火焰烧伤并被止水用苦无终结。
宇智波止水也发现了，这个世界似乎很不一样，否则甲不会用水乱波抵挡豪火灭却。
止水：看来这是另一个忍者世界，而且似乎忍术有严重的断层。这究竟算是死亡还是重生!
这时脑子里出现了一个声音，叮·正在为宿主绑定宇智波专属系统，进度10％、20％......99％，绑定完成!
止水显然是不知道这系统是什么，系统像是知道其想法一般，解释道：宇智波专属系统，是宇智波一族穿越后所绑定的专属系统，系统功能是随机性的。本系统是剧情系统，只要改变忍者世界的走向就可以获得瞳术点，瞳术点可以用来解锁商场里面的物品或升级系统。系统本质上是一种瞳术，宿主刚刚击败一名根本忍者获得奖励：万花筒写轮眼。
此时宇智波止水的眼睛里一阵金光闪过，它的万花筒写轮眼回来了!当然万花筒形状不能是一样的，所以宇智波止水现在的眼睛是一个三角形的写轮眼。此时系统发布了第一个任务：阻止灭族之夜!
止水听见后顿时一惊!前世就是它自己灭了宇智波一族，算算时间，也该到了灭族之夜的时刻。另一边，宇智波鼬将止水的写轮眼存放好之后，就开始和团藏谈判了起来。团藏：你要想清楚，你亲手灭族的话，至少你弟弟可以活下来。宇智波鼬听到这话陷入了沉思。毕竟一个是族人，一个是木叶，无论是谁都会犹豫无比。最后和原著一样，宇智波鼬选择了亲手灭族，将自己的弟弟佐助留了下来。然后便开始准备起了灭族之夜的准备，穿好暗部衣服，拿起太刀。灭族之夜，开始了！