洛斯地区发生了一场战争。当时的国王AZ失去了最心爱的花叶蒂，为了复活花叶蒂，用天降的陨石，制作了日晷再加上泽尔尼亚斯、伊菲尔塔尔的力量，制造了最终兵器，成功的复活了花叶蒂，在最终兵器的影响下，许多的进化石发生了变异与一些宝可梦发生了不可思议的联系，出现了最终进化，而后面的人称为超越进化的进化，简称超进化，而那些石头称为进化钥匙。
达成目的的AZ，无法原谅这个给他痛苦的宝可梦世界，利用终极武器日晷，被毁灭卡洛斯地区，可是在这个时候，基格尔德察觉了这一切，发起了攻击，终阻止了终极武器日晷，而那恐怖的力量注入了地心之中，基格尔德使用自己的力量，把它封在地形之内。
而花叶蒂得知了这一切，为了复活它，AZ牺牲了大量的宝可梦后，对AZ从此失望，永远的离开了他，AZ因为花叶蒂的离开痛苦万分，是受到日晷的影响，他获得永久的生命，在求死不能的情况下，选择流浪世界。
随着时间的流逝，1000年后，和颗前所未有的巨大陨石撞击了芳缘地区，形成了现在的流璃市，陨石撞击导致大量的自然能量从地底泄露出来，原始固拉多与原始盖欧卡再次苏醒，对着巨型钥石的陨石祈祷，而烈空坐回应的祈祷，在次出现时已经进行了超进化成为了超级烈空坐，获得平息了两者之间的战斗。
祈源的人们开始自称为“流星之民”，尊称烈空坐为龙神大人，为烈空坐制造天空之柱，世代侍奉。而AZ见证了这一历史，并将超级烈空坐称为“德尔塔”
在2500年前，合众地区是要一对双胞胎和一个神龙，共同创立的国家。在古代之宝建造完成后，双胞胎中的哥哥开始追求真实，而弟弟追求理想，由于目标不一致，兄弟之间的间隔越来越大，最终逐渐发生战争。
神龙分裂成为了道之三龙之一的真实之龙雷希拉姆、理想之龙捷克罗姆，双方战斗难分胜负。雷希拉姆与捷克罗姆谁都无法战胜对方，最终在双方消耗巨大生命能量后其身躯华为的两颗石头，陷入了永久的沉睡当中。那两颗石头被后人称为光久的沉睡当中。那两颗石头被后人称为光芒石与暗黑石。
最终意识到错误的双胞胎，最后结束的战争，但是此时为时已晚，战争破坏了龙脉，混乱的龙脉力量，侵蚀着整个大地。
为了平息混乱的龙脉，双胞胎的父亲决定用比克提尼的力量，在付出生命与比克提尼永远无法出去的代价后，终于恢复了混乱的龙脉。
双胞胎开始反省，把巨龙化成的石头安置在无人知晓的地方后，离开了城堡。随着时间的流逝，神龙分裂身躯的碎渣，演化成为了道之三龙之首的酋雷姆，在巨人洞窟中，等待真实与理想的复苏。
时光再次流逝，在1500年前的成都地区，未知图腾开始出现在阿露福遗迹，在同一时期成都与神奥的人们频繁交流。
因为受到神奥地区的影响，成都的人们异常的崇拜凤王与洛奇亚，双方的关系异常亲切。
至约七百年前部分神奥的先民移居到成都地区，带来了用舞蹈，纪念传“传说宝可梦”的仪式。
这个仪式引来了凤王与洛奇亚，人们建造钟之塔来供奉凤王，漩涡岛内建造洞窟来供奉洛奇亚，从此人类宝可梦开始了，和平相处，可是随着和关东地区建立的关都联盟，在一些意见发生了分歧，引起了一场战争，这场战争蔓延了两个地区，一些贪心的人类，试图用传说宝可梦，武力解决这场战争，可是最终没想到，洛奇亚把漩涡岛一分为四，引起巨大漩涡，保护着整个岛屿，而凤王开始对人类失望，离开了钟之塔。
在这场战争中正义的一派终于赢得胜利，从此成都地区和关东地区合并成为官都地区，为了保持人类与宝可梦的和谐相处，出现的训练家，与各地道馆，同时与学校的学者，乔伊家族，君莎家族，佐佐木家族，大木家族，御龙一族等签订契约，出现了各种学者，医疗，调查组，侦查组，保卫组，刑事组创立了联盟的初期，也为以后各地联盟打造了基础。
各大地区都学关都地区，创造各地联盟，400年前各地联盟的最高管理者，在白银山脉深处创立了创立了世界联盟，又称为精灵联盟，自此以后货币开始统一，各种比赛穷出不齐，每隔四年世界大师赛正式开始，每一个参赛选手必须获得参加过五个联盟的资格才能参加，同时道馆训没有这个条件，都可以参加。
制约300年前，天上无一降下旱雷，打中钟之塔，引起了一场大火，大火烧了三天三夜，人类想管却无能为力，这时洛奇亚出现，召唤出了一场暴风雨扑灭了这场大火。
这时候凤王回来，看见这一幕，彻底的对人类失望，用身上的光芒，复活了被烧死在中之塔的无名宝可梦，这三只宝可梦在凤王的复活下，有了新的形态，打在塔上的旱雷“雷公”，燃烧塔的火焰“炎帝”，扑灭火的甘霖“水君”，被后人称为三圣兽。
当时人类开始惧怕这股力量，丢出了石头把它们砸走，称它们为祸害，凤王一怒之下便离开这里环游世界。洛奇亚看着这三圣兽也觉得好奇，并用同样的力量，在洋流中创造出了火焰鸟，在寒流中