宋父在遗书中写道：“当时验尸确定死者中毒而亡，又将剩余茶水喂犬饮后，当即倒毙，目击证人亲耳听见妇人失德而引起的夫妻争吵，更有邻里佐证，张王氏与表兄王可过往甚密，当日将王可拘传到案，王可也当堂供认与张王氏的通奸之实，既有通奸情节，还有目击旁人，更有下了毒的剩茶为证，本案却也铁证如山，依大宋刑律，判张王氏通奸失节，谋杀亲夫，处以凌迟；奸夫王可，通奸谋命斩首示众！”
读到这里，他忽感轰然一声，浑身一麻，手一松，遗书飘落在地。
宋慈怔了好一会儿，才缓缓弯腰去拾起遗书，再读下去。
遗书上写道：“此案过去三年，父偶尔得知当地山上长有一种剧毒野草，名为断肠草，其毒性更甚于砒霜，为父继而又从当年剩水的瓦罐中，发现了两片早已干枯的断肠草叶，为父重新审阅当年案卷才发现，张王氏与王可通奸杀夫一案中存有一大破绽，要是张王氏预谋毒杀亲夫，又怎么会蠢到把毒下在她亲手送到地头的茶水之中啊？冤魂在天，宋巩死不足以弥补误判之罪啊！”
宋慈痛苦不已，起身向外奔去，用力拉开书房门，却见老家院正堵在门外，一时竟无言以对，他强忍着悲痛，伸手在老家院肩头按了一下。
老家院心领神会让过一边。
宋慈跨出书房，步履千斤地往灵堂走去，父亲宋巩的话音犹在他耳边回荡着：“为父断狱失察，铸成冤案，一世清名毁于一旦，纵然追悔泣血，对死者何益？惟有一死谢罪，方可告慰屈死的冤魂啊！”
宋慈跨进灵堂，伫立在父亲的灵柩前，凝望着棺中亡父的面容，泪水止不住地向外涌出。
父亲的嘱言又如空谷之声在灵堂内回荡着：“慈儿，常人有过改之为善，刑官出错，事关人命，父谢罪自决，别无牵挂，慈儿日后踏足官场，当不得居于刑狱官职，切记为父之遗命。”
宋慈金榜题名、喜迎新人的双喜之日，父亲宋巩却因错判人命而以死谢罪，临终前留下了不许儿子涉足刑狱的遗命，心中实在是百感万千啊。
乐丹出现在了宋慈的身边，看着宋慈说道：“你父亲回来过了。”
宋慈震惊的看着乐丹，说道：“你说什么！”
乐丹看着宋慈说道：“你父亲刚刚回来过了。”
宋慈说道：“他现在在哪里？既然回来了，为何不来见我最后一面。”
乐丹看着宋慈说道：“你父亲心愿已了，回来看过你们便又去投胎去了，他让我转告你，好好活着。”
宋慈看着乐丹说道：“那他为什么不来见我。”
“相见不如不见，你父亲已经投胎去了，如果有缘，下辈子再续前缘便是。”乐丹看着宋慈安慰道。
宋慈深深的叹了一口气，凝视着父亲的遗体发起了呆。。。
宋老推官的猝然作古，使英姑和屠夫捕头王到嘉州之行落了空，而梅城县却又传来新任知县孟良臣在赴任途中，死于客栈起火的恶讯，捕头王和英姑以此力请宋慈赴梅城破案，宋慈却碍于父命而去留两难。
宋巩刚刚下葬不久，宋慈还在守孝，忽然又传来好友孟良臣梅城遇难的凶讯，让他更是心力交瘁，父亲的遗书给儿子留下一道“终身不得涉足刑狱”的遗命，从小立志子承父业的宋慈从此心灰意冷，整日以酒浇愁。
经宋母开导，宋慈决定前往梅城调查凶案，当然乐丹也是要去的，上路前也带上了帮手，英姑和屠夫捕头王，于是一行人奔赴梅城。
梅城县果然水深难测、暗含杀机。
以杨主簿为首的一班县吏早有防备，以至使宋慈到梅城后每每遇壁，处境艰难。
英姑为缓解宋慈的烦乱心绪，端来脚水，为宋慈泡脚调理。
宋慈心态放松，果然想起了父亲遗书中提到过的一着验法，遂往火烧现场验证孟良臣死因，用酽醋泼地，果然见卧尸之处，浮现出一大片血迹。
正在宋慈验地之时，杨主簿率县吏们突然赶来。
宋慈临危不乱，机智应变。
在知州府，宋慈向卢知州道明了孟良臣死于谋杀的疑点，并问县衙是否有人出身忤作？
卢知州告之杨主簿正是仵作出身。
杨主簿在妓女‘六月红’的房里，受雇于他的杀手黑三突然闯入，黑三要杨主簿出五十两黄金，换取沉默。
杨主簿明里答应，暗施黑手，结果，就在英姑领宋慈到其父当年遇难的落马坡时，竟发现了坠落悬崖的黑三尸体。
所幸与黑三同行的‘六月红’被树枝挂住，保得一命。
宋慈从黑三七孔的血色断定黑三死于谋杀，遂将‘六月红’带回客栈，意欲从此女嘴里挖出梅城迷案的线索。
英姑无意中说出一番话，揭穿了卢知州的一个谎言。
宋慈巧设敲山震虎之计，对卢知州提出要对半年前遇难的竹知县开棺验尸，离开知州府，宋慈和捕头王就被一群黑衣人追杀。
乐丹暗中相助宋慈，救了他一命。
恰好宋慈的岳父薛庭松受命钦差，及时赶到，暗施援手，才使宋慈摆脱追杀。
负伤醒来的‘六月红’终于道出真相，梅城县两任知县谋杀案昭然