在数码世界的古代时期，世界树看着数码世界的数据过于膨胀，由于数码兽的进化和数量，世界树知道，这样下去会带来灾难，帝厉魔到时候会出现，那么数码世界的全部都会被帝厉魔清理掉，世界树决定清除数码世界大部分数据来阻止帝厉魔的苏醒，但是这个决定一定会被所有数码兽否定并阻止。
世界树思考了一段时间，最后还是决定了那个结果，启动方舟计划。
所谓的方舟计划，就是一种病毒，世界树决定舍弃数码世界，启动粒子化病毒「X程序」，旨在删除对于数码世界（NDW）无用的数码兽。后果是绝大部分数码兽在感染病毒之后都死亡了。（我改变了一下设定，这里可能不会有X抗体）。
世界树在网络最深处召集了全部皇家骑士，十三位皇家骑士全部到齐。
所有皇家骑士全部单膝下跪，齐声喊到“神”有何指令。
皇家骑士团，他们并不是绝对的「善」，为了维持数码世界的秩序，如果判断需要的话，通常会行使大量破坏和杀戮等无情手段。而且他们每个人的思想都微妙地有所差异，有的是表示对世界树的绝对忠诚，有的是自己对主人以及决断者表示感谢，有的是为了无可比拟压倒性的力量……皇家骑士各自都根据自己的正义，执行自己的使命。正因为只按照各自所相信的「正义」而行动，所以围绕着这个有时候会引起内部纷争。
世界树发下方舟计划的指令，决定消除数码兽，这个决定让阿尔法兽和公爵兽还有顽固兽，杰斯兽等人震惊。
阿尔法兽：“神”你为何要下达这个指令。
世界树：你们不需要知道原因，只需要执行指令就行了。
阿尔法兽：可是，为什么要消除将近数码世界近80%的数码兽，如果没有说明当中的情况，我不会执行指令的。
阿尔法兽直接走出网络最深处，顽固兽也开口了：没有任何理由就向无辜弱者动手，这不是我的正义。
顽固兽也走出去了，杰斯兽看着自己的师傅，也向着世界树说道：“神”这也不是我的正义。
从世界树发下指令之后，就有三位圣骑士离开了，而剩下的其他皇家骑士，都在沉默。
皇家骑士里面还有中立派，他们不支持也不反对，公爵兽，艾克萨兽，八足马兽等人就是如此，而绝对执行指令的就是奥米加兽，杜纳斯兽，剑皇兽，芳香兽，金甲龙兽等人。
世界树：你们立即执行，之后我会启动方舟计划，让数码兽们死亡后，不再回到数码蛋重生。你们把所认可的数码兽进行转移。
奥米加兽：是。
世界树离去了，并把管理权给了金甲龙兽，由金甲龙兽作为中央管理协助其他皇家骑士作战。
奥米加兽准备直接去数码世界中心，在刚要离开的时候，公爵兽叫住了他：我的挚友，这次神的指令有问题，无缘无故就决定消除数码兽。
奥米加兽说道：挚友，神的指令我只会执行，不会管有任何的原因，执行神的指令是我们皇家骑士团的职责。
奥米加兽直接离开了，不给公爵兽说话的机会，公爵兽叹了口气，也离开了。
奥米加兽来到数码世界中心，金甲龙兽来了消息，其他皇家骑士已经在转移所认可的数码兽，听到这个消息，奥米加兽来到了一个数码兽村庄，数码兽们看着从天上下来的奥米加兽，有的数码兽已经认出了奥米加兽。
圣骑士大人来到我们村庄了，一时间村庄里大部分数码兽听到这个消息都出来了，看着奥米加兽，众人羡慕的眼光，这是数码世界最强数码兽之一，还是保护数码世界的守护神。
奥米加兽冷漠的举起加鲁鲁手臂，炮口张开，蓝色又寒冷的能量在聚集，数码兽们还没反应过来，奥米加兽一炮打出去，数码兽们直接被消灭，奥米加兽也离开了那个村庄，不，不应该是村庄了，而是一个深坑。
在另一边，世界树启动了X病毒，一瞬间数码世界在病毒的感染下，数码兽们被消灭，感染病毒而亡。
奥米加兽也清除了很多反抗的数码兽，再奥米加兽绝对力量下，那些究极体数码兽显得十分弱小。
凤凰兽问道：为什么，你作为数码世界的守护神，为什么要消灭数码兽。
奥米加兽并没有回话，而是用暴龙剑对准凤凰兽，而凤凰兽也不示弱，直接施展自己的必杀：星光爆破。
奥米加兽用勇气之盾挡住凤凰兽的攻击，一剑就把凤凰兽斩杀，一击就把凤凰兽斩杀包括了凤凰兽背后的大山，也被一剑劈开。
数码世界大量数码兽正在死亡，四圣兽们察觉到了不同，他们四个在探讨为什么数码兽们在死亡，派出十二帝魔去外面查看消息，而在神之领域的三大天使也察觉到了。
杜纳斯兽和剑皇兽俩人形影不离，一路消灭了看到的所有数码兽，剑皇兽依旧自恋的说道：无论我做出任何事物，都会被世界原谅，而杜纳斯兽在执行自己的正义，这个正义是和什么有关，没人得知。
经过一段时间，弱小的数码兽在X病毒下，基本都已经死亡，剩下了拥有强悍战力的数码兽们，在这个充满病毒的数码世界苟延残喘。