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可是，在《天工开物》正式刊行时，作者却将上述两卷抽了出来。“宋应星”自认为这两卷“其道太精，自揣非吾事，故临梓删去”了。这说明“宋应星”追求实际例证，也就是“耳听为虚，眼见为实”的科学精神。
“宋应星”在阐明其“形气”论、“二气五行说”及万物“生化之理”的自然观时，已经把中国传统“唯物主义哲学”关于物质的构成及其发展的学说推向一个新的境界，树立了一个新的里程碑，使古代朴素的自然观具有更多哲理性和自然科学内容。运用他的这些理论思想，就能够比较容易的去解释更加广泛的自然现象了。
“宋应星”的“唯物主义自然观”的观点，是在与当时占统治地位的“唯心主义自然观”的斗争中成长起来的。“宋应星”为自己的著作冠以“天工开物”之名，就是这一思想的生动体现。
“天”即自然界；“工”指人的技巧；“开”是开发利用之意;“物”亦物质财富。“天工开物”的意思就是“在自然界中被人工技巧开发出来的物质财富”。在“宋应星”看来，自然界是人类赖以生存的物质基础，而人为万物之灵长，能够用自己的智慧开发利用自然，并创造生活需要的各种物质财富，以促进人类文明的发展。
在《天工开物》的序中，宋应星开宗明义地说:“天授地载，物数号万，而事亦因之曲成而不遗，岂人力也哉了？”这种强调自然界是不依赖于人的意志而客观存在、强调人对自然界的能动作用，正是唯物论的基本观点。“宋应星”还有着朴素辩证法的思想，他认为“土脉历时代而异，种性随水土而分。”
这”说明土壤的性质随时间的推移而发生变异，物种及其性状随水土的不同而有所区分”。在另一部著作《谈天》中，“宋应星”把自己的观点表述得更加明白，他说“以今日之日为昨日之日，无异于刻舟求剑”。
“宋应星”在这里强调的是“变”，即万事万物都处在不断的运动变化中，不变的事物是不存在的。逐步形成了朴素的唯物论和辩证法的思想，而这一思想一旦形成，又指导着他在科学技术的研究中奋力向前，取得了卓越的成就，成为我国乃至世界历史上杰出的学者。
后世的“华东师范大学”历史学教授李以章说过：“宋应星在总结农业和手工业经验的过程中，逐步形成了朴素的‘唯物沦’和‘辩证法’的思想，而这一思想一旦形成，又指导着他在科学技术的研究中奋力向前，取得了卓越的成就，成为我国乃至世界历史上杰出的学者。”
后世的“吉林大学”历史学教授龙欣宇也说：“宋应星在各个领域中体现的伦理思想，笔者的认识是，作为一个封建时代的小官吏，宋应星忠君、尽职、关注民生、反对不正之风等想法和行为，是在认同并维护封建统治秩序的基础上求善求真，追求士大夫的完美的人格，由此对社会、对人生都有积极地贡献；
作为一个封建时代的科学家，宋应星博学、勤奋，有着浓厚的探索自然奥秘和用先进科技促进生产力发展的愿望，有着丰硕的成果。虽然他的伦理思想有一定的时代局限性，但更多的是闪耀着理性的光辉，引领着他积极的人生。”
殊不知，“宋应星”在他十五岁那年，听说宋代沈括的《梦溪笔谈》是一部价值很高的科学著作，于是就渴望着能读一读。每当见到能读书和识字的亲友或邻居，他都急切地询问人家是否有这本书。
有一天，他听说镇上的“文宝斋”书铺刚购进一批新书，就急匆匆赶去买书，可是书架上摆的都是“四书五经”却无《梦溪笔谈》。店老板见这位少年在书架旁找来找去，心中暗暗纳闷：“这么多经书他不买，这是要找什么呢？”店老板疑惑之余，遂上前询问后才得知，“宋应星”要买的书竟会是“野书”《梦溪笔谈》。
于是，店老板告诉他：“现在的人都读‘四书五经’，学‘孔孟之道’，研究‘宋明理学’，为的就是考取功名后有机会能升官发财，而格物致知类的‘野书’书即使进货也没人买。”宋应星只好懊丧地离开了“文宝斋”。
“宋应星”在往回走的路上，脑子里全是那本“野书”，到哪去找呢？找本书真难呀！他长叹一口气，无奈地摇着头，一边走一边想，只听“哎哟”一声，竟撞到前面一个行人的身上，再看地上，已撒了许多“米裸”。
这时，“宋应星”的心思才从《梦溪笔谈》回到眼前。他连声道歉，并急忙弯下腰去帮那位行人捡“米裸”（江西油炸甜味小米饼）。检着检着，眼前一亮，发现包“米裸”的废纸上竟有“梦溪笔谈”的字样？天呐！这真是踏破铁鞋无觅处，得来全不费工夫！他连忙向那人询问“米裸”是从哪儿买的？自己好去寻找这本书。
“宋应星”一口气跑出好几里路，才气喘吁吁，满头大汗地追上了前面卖“米裸”的老汉，要出高价买老汉包“米裸”的废纸。老人见他爱书心切，就找出一本旧书给了他，原来竟是部残本的《梦溪笔谈》，而书中还少了后半部。老汉告诉他，这书是清早路过南村纸